Terytorium Japonii wewnątrz całości wypada aż do zlewiska Oceanu Spokojnego, które tworzy gęsta obwód krótkich, górskich rzek spośród licznymi progami, zaś co zbyt tym idzie wodospadami plus bystrzami. W związku spośród czym resztkami sił miejscami nadają się one aż do regularnej żeglugi, przede wszystkim spławu drewna. Nie mniej pomimo tego ze względu na znaczne spadki wód, owe cieki posiadają poważny napięcie hydroenergetyczny, tudzież podobnie znajdują wykorzystanie do wnętrza nawadnianiu pól uprawnych. Wiosną wewnątrz czasie topnienia śniegów rzeki na Hokkaido oraz północnym Honsiu i pozostałe w środku czasie opadów letnich mają znaczne narzędzia wód, tym samym powodując nieraz do wnętrza ich dolnych biegach katastrofalne powodzie. Do najdłuższych rzek Kraju Wschodzącego Słońca zaliczją się płynące wskroś Honsiu: Shinano (367 km) również Tone (322 km), oraz też najdłuższy strumień Hokkaido - Ishikari (268 km). Natomiast największe, ponieważ liczące 16,840 km² dorzecze posiada Tone; od tego czasu Ishikari 14,330 km² także Shinano 11,900 km².
Liczący 497 m Hannoki, jaki znajduje się w środku prefekturze Toyama jest najwyższym japońskim wodospadem, tymczasem jego działalność wolno uchwycić zaledwie do wnętrza okresie od czasu kwietnia aż do lipca. Drugim najwyższym, i aż do tego całorocznym jest Shōmyō, którego wody spadają spośród wysokości 349 m. Nie mniej lecz najsłynniejszym wodospadem tego kraju jest liczący 133 m Nachi w środku prefekturze Wakayama.
Wśród występujących wewnątrz Japonii jezior niepodobna ma urodzenie tektoniczne, kalderowe, czy też kraterowe, oraz do wnętrza mniejszym stopniu lagunowe to znaczy sztuczne. Największym zbiornikiem wodnym jest położone do wnętrza środkowej części Honsiu tektoniczne jezioro Biwa, którego obszar wynosi 670 km². Ponadto w dalszym ciągu trzy zajmują powierzchnia bardziej natężony odkąd 100 km², zaś są to: położone na świtanie odkąd Tokio, w środku prefekturze Ibaraki Kasumigaura (167.6 km²), Saroma (151.9 km²) na Hokkaido i leżące wewnątrz regionie Tohoku Inawashiro (103.3 km²). Najgłębszymi jeziorami są: położone na północy Honsiu, do wnętrza prefekturze Akita Tazawa (423.4 m), Shikotsu (360.1 m) na Hokkaido, znajdujące się do wnętrza północnym Tohoku Towada (326.8 m) również Mashu (211.4 m), które też w charakterze Shikotsu leży na drugiej największej japońskiej wyspie. Kolejne czwórka w środku tym Biwa mają głębia przekraczającą 100 m. Znajdujące się na godzina dwunasta od czasu Tokio, w środku prefekturze Tochigi Chūzenji jest co najwyżej położonym jeziorem do wnętrza Japonii, tj. 1,269 m.n.p.m. Następne są położone w środku środkowym Honsiu, do wnętrza prefekturze Nagano jeziora Kizaki (764 m.n.p.m) również Suwa (759 m.n.p.m), natomiast też wspomniane wyżej Inawashiro (514 m.n.p.m). Za sprawą w szczególności dużej aktywności wulkanicznej Kraj Kwitnącej Wiśni obfituje wewnątrz bogate zasoby podziemnych wód, przede wszystkim termalnych, które solidny się przyczynkiem aż do powstania wielu onsenów, to znaczy japońskich cieplic.